Makna Logo
- Menara Gerbang Kota Madinah
- Mihrab Masjid dengan tiga lengkung
- Al Quran terbuka
- Sepasang tunas dengan masing-masing lima gerigi
- Tulisan Madinatunnajah
- Bingkai berbentuk bulan sabit
- Dasar berwarna hijau daun
- Mihrab dan tulisan berwarna putih
- Menara Gerbang berwarna hitam
- Tunas dan bingkai bulan sabit berwarna kuning
- Kota Madinah melambangkan Kota Ilmu
- Mihrab melambangkan pembinaan kader imam atau pemimpin umat
- Tiga lengkung mihrab melambangkan kesatuan Islam, Iman dan Ihsan
- Al Quran melambangkan dasar utama Islam dan sumber Ilmu
- Sepasang tunas melambangkan pengkaderan baik putera maupun puteri
- Lima gerigi pada tunas melambangkan prinsip-prinsip pendidikan Madinatunnajah yaitu Pancajiwa, Pancabina, Pancadharma dan Pancajangka
- Bulan Sabit melambangkan perjuanagan umat Islam
- Warna putih melambangkan kesucian dan keikhlasan yang melandasi segala amal usaha
- Warna hitam melambangkan kekokohan dan keabadian
- Warna kuning melambangkan semangat
- Warna hijau melambangkan kedamaian dan keberkahan